Секвенування геному стане інструментом боротьби з внутрішньолікарняними інфекціями

Високотоксичний штам MRSA (вгорі) і менш токсичний штам (внизу), вирощені на субстраті - кров'яному агарі

Поширення стійких до антибіотиків патогенів, таких як MRSA (Метіцилін-резистентний золотистий стафілокок), є проблемою для громадської охорони здоров'я. Основні риси «госпітальних штамів» - це стійкість до одного або декількох антибіотиків, стійкість в умовах зовнішнього середовища, знижена чутливість до антисептиків. Госпітальні штами дуже різноманітні, в кожній лікарні або відділенні можлива поява свого характерного штаму з властивим тільки йому набором біологічних властивостей. Це створює труднощі при лікуванні інфікованих пацієнтів. У дослідженні, опублікованому вчора в журналі Genome Research, вчені за допомогою генетичного дослідження змогли виділити особливо токсичні різновиди MRSA, що відкриває можливість персоналізації лікування окремих інфекцій, викликаних зараженням MRSA.

При вивченні ступеня патогенності MRSA «стандартним підходом завжди була і залишається концентрація на одному або невеликій кількості генів і білків», - говорить провідний автор роботи Рут Мессі з Університету Бата. Однак, це не завжди приносило успіх, тому що патогенність - це набір властивостей, закодованих у багатьох генетичних локусах.

У своїй роботі автори використовували послідовності цілих геномів дев'яноста штамів MRSA для визначення понад 100 генетичних локусів, пов'язаних з токсичністю. Незважаючи на приналежність бактерій до загального генотипу ST239, штами відрізняються ступенем патогенності.

Головне, чого вдалося досягти - виявлено «генетичні мітки», за якими можна визначити ступінь патогенності штаму.

«Оскільки вартість і швидкість секвенування геному зменшується, стає все більш реальною можливість секвенувати геном хвороботворних мікроорганізмів», - сказав Мессі. В клінічних умовах, секвенування може бути корисним для визначення ходу лікування, яке буде більш виборчим. Так, лікар лікуватиме високопатогенні інфекції більш агресивно, в тому числі призначенням точно обраних антибіотиків. Також це буде одним з інструментів скорочення кількості ускладнень і запобігання поширенню інфекції.

У цьому дослідженні знайдено багато нових генетичних локусів, що визначають патогенність MRSA. Крім вивчення геномів інших штамів MRSA, автори планують застосувати свою методику для вивчення інших бактеріальних патогенів, таких, як Streptococcus pneumonia, що є головною причиною смерті немовлят і дітей віком до п'яти років.