З історією німецької окупації Білорусі пов'язана не тільки героїчна боротьба партизанів, але і колабораціонізм, «білорусизація» і моторошні злочини нацистів.
На початку 1941 року німцями до східних рубежів Німеччини були перекинуті досить відчутні сили «для переформування і відпочинку». На зайнятих польських територіях нацисти проводили серйозну роботу зі створення диверсійних груп переважно з білорусів і українців для проникнення на територію БССР і роботи з місцевим населенням. В основному членами цих розвідувальних груп були люди, які ще восени 1939 року втекли вглиб Польщі, абсолютно не вірячи в позитивні зміни, які могли початися з приходом Червоної армії в Західну Білорусь і Україну. Перебіжчики були у німців на хорошому рахунку і отримували продовольчі пайки, які за обсягом вигідно відрізнялися від польських.
Величезну роль у поліпшенні відносин до вермахту серед населення Західної Білорусії зіграли заходи радянської влади: колективізація, політика розкуркулення заможного селянства і робота НКВС з депортації інтелігенції на новостворених територіях змушували людей бігти до німців.
Широкі маси білоруського населення спочатку позитивно дивилися на встановлення радянської влади на колишніх польських територіях, але плоди радянізації швидко розчарували навіть багатьох лівих активістів.
Командування майбутніх окупантів швидко зрозуміло, що ці люди зможуть надалі надати допомогу в боротьбі з більшовиками. Також багато полонених солдатів польської армії, будучи етнічними російськими, білорусами і українцями, були відпущені і спрямовані на всілякі роботи.
В історичній пам'яті народу ще були живі спогади про німецьку окупацію в Першу світову війну. Німці тоді звернули увагу на бажання білорусів сформувати інститути національної влади. Так що 22 червня 1941 року на окремих територіях Західної Білорусії підрозділи вермахту зустрічали як визволителів.
У перші місяці окупації адміністративний ресурс формувався з поляків, які вже мали досвід роботи на «Kresy Wschodnie». Білоруській інтелігенції і партійним активістам довелося несолодко: почалися доноси і розстріли. Проте становище вдалося врятувати через деякий час, коли назад з еміграції почали повертатися білоруси, яким німецька адміністрація дала можливість взяти управління на місцях у свої руки.
Поступово відкривалися школи з навчанням білоруською мовою, запрацювали амбулаторії і навіть стала працювати кооперація. Німецькі комендатури ігнорували спроби відродження національної культури і мистецтва. У вересні 1941 року був сформований генеральний округ Білорутенія, куди увійшли в основному центральні райони країни. Західні території увійшли до складу Східної Пруссії, а південні, поліські - в рейхскомісаріат Україна.
Гауляйтером (головою цивільної адміністрації) генерального округу став Вільгельм Кубе, який підтримував створення дружніх окупаційному режиму організацій націоналістичної спрямованості (Білоруська центральна рада, Білоруська народна самопоміч, Союз білоруської молоді тощо).
Персона гауляйтера досі викликає масу суперечок: його відносна лояльність до місцевої національної еліти і непросте ставлення до єврейського питання - все це багато разів змушувало Кубі нервувати. Представники СД і СС часто вступали з ним у полеміку і суперечки. Проте 22 вересня 1943 року на Вільгельма Кубі було скоєно успішний замах: його смерть багато в чому вплинула на обстановку в регіоні і сильно обіслала каральні органи. «Білорусизація» часів німецької окупації поступово стала згортатися.
Ще з кінця 1941 року в окремих краях білоруських земель, де в основному не діяли органи цивільної влади, ставлення до окупаційних сил змінилося не на їхню користь. На те були свої фактори і причини.
Дезертири-червоноармійці, які змогли вийти з оточення в перші місяці війни, часто залишалися в селах і приймалися вести сільський спосіб життя, але вермахту, СС і загонам поліції це зовсім не подобалося. Влаштовувалися операції з затримання червоноармійців: хтось потрапляв у табір, а хтось зміг піти в ліс до партизанів.
Були досить часті випадки розправи над військовополоненими на очах у мирного населення. Звірства до євреїв також викликали жах у жителів сіл і міст. Періодичні зачистки частинами СС населених пунктів і свавілля на місцях з боку представників цивільної влади озлобили місцевих жителів.
Саме в період з літа 1941 по зиму 1942 року в Білорусі складається партизанський рух.
На території Білорусі з літа 1941 року почалося будівництво концентраційних таборів, а також організація єврейських гетто у великих містах. В одному тільки Малому Тростенці було знищено понад 200 тисяч осіб. Певною мірою білоруські землі стали для нацистів місцем для утилізації нежиттєздатних (на їхню думку) елементів населення Європи.
Людський ресурс таборів і гетто аж до 1943 року активно використовувався цивільною адміністрацією: гауляйтер Вільгельм Кубі неодноразово доповідав у Берлін про те, що звіряче ставлення до в'язнів з боку поліції, СД і СС заважає реалізації господарських планів.
Діяльність партизанських загонів і військових формувань поляків на території Білорусі викликала понад 140 великих каральних операцій нацистів.
Особливу роль у подібних акціях грали шуцманшафт-батальйони, що складалися в основному з колишніх військовополонених Червоної армії і добровольців, а також окремі підрозділи СС, в які входили кримінальні злочинці. Найбільше в Білорусі «прославився» особливий батальйон СС Дірлевангера: «браконьєри» колишнього злочинця, п'яниці і садиста Оскара Пауля Дірлевангера з особливою жорстокістю проводили каральні операції проти партизанів і мирного населення.
Спочатку підрозділ займався знищенням польського опору, а з літа 1942 року тоді ще зондеркоманда Дірлевангера перебазувалася в місто Логойськ. До кінця 1942 року в підпорядкування до особливого батальйону Дірлевангера був приставлений 118 шуцманшафт-батальйон, який перекинули з Києва. Цей підрозділ відзначився у знищенні людей у Бабиному Яру.
Мабуть, найвідоміша і найкривавіша сторінка в історії німецької окупації Білорусі - це Хатинська трагедія. У районі Логойська діяло шість партизанських бригад, з якими «браконьєрам» Дірлевангера доводилося боротися. Зондеркоманда вже мала у своєму складі кілька російських рот, до яких входили колишні в'язні концтаборів: росіяни, українці, білоруси, литовці та вірмени.
Вранці 22 березня 1943 року на дорозі Логойськ-Плещениці партизанські загони організували засідку колони 118 шуцманшафт-батальйону, в якій їхав командир 1-ї роти, відомий спортсмен, олімпійський чемпіон 1936 року, гауптман Ганс Вельке. Улюбленця фюрера вбили в бою. «Народні месники» відійшли до села Хатинь, а підрозділи 118 батальйону були підняті по тривозі і направлені в район засідки. Командир батальйону майор Еріх Кернер запросив підкріплення: на допомогу карателям була відправлена німецька рота і український взвод зондеркоманди СС Дірлевангера.
У документах поліції і батальйону СС карателі вказували, що після прибуття в село зав'язався бій, в якому було вбито 30 партизанів. ЦШПД забороняв партизанам відходити в населені пункти навіть для ночівлі, щоб уникнути дій карателів щодо мирного населення. Жителів села (переважно - старих, жінок і дітей), що залишилися в живих, зігнали в сарай і спалили живцем. Частина була розстріляна на місці «браконьєрами» і бійцями 118 батальйону. 149 осіб пали жертвою каральної операції. У розстрілах і спаленні жителів села брали участь бійці зондеркоманди СС Дірлевангера І. Ю. Тупіга, A. C.
Для батальйону Дірлевангера це була абсолютно рядова операція. Подібні акції проходили в селах Борки, Збишина, Студенки, Вітренки і Дубовручье. Загалом близько 200 білоруських сіл були знищені бійцями батальйону.
Хатинь стала синонімом геноциду, нелюдяності і необузданої жорстокості.
До червня 1944 року нацистська адміністрація в Білорусі вирішила в черговий раз звернути увагу на проблему національної самоідентифікації білорусів, насамперед, для того, щоб використовувати населення в боротьбі з Червоною армією, яка в рамках операції «Багратіон» готувалася завдати сильного удару по військових підрозділах вермахту і СС. Населення Білорусії відверто втомилося від звірств карателів, військових операцій партизанів і лісових братів, а також від обіцянок цивільної адміністрації налагодити мирне життя. Прогерманськи налаштована молодь їхала вглиб Третього Рейху і працювала на німецьких підприємствах, іншим залишалося тільки чекати будь-яких змін. Мрії про Білоруську Народну Республіку просто розсіялися.
Всього за роки окупації Білорусь втратила близько 2 230 000 жителів - ця цифра давно стала загальноприйнятою, але вона не враховує чималий відсоток еміграції білорусів на Захід. З повним звільненням території БССР у серпні 1944 року розпочався новий етап в історії білоруського народу.